Aygün Əhmədli 2002 -2008 –ci illərdə Azərbaycan Tibb Universitetini bitirmiş, 2008-2009-cu illərdə internatura keçmişdir. 2012-2013-cü illərdə Revmatologiya üzrə ixtisaslaşma kursu keçmişdir (NMAPO-Ukrayna, Kiyev) və hazırda HB Güven klinikasında Revmatoloq olaraq fəaliyyət göstərir.